Em julho de 1978, com o fechamento do Centro de Treinamento após as ordens de Spencer, Albert Wesker e William Birkin são transferidos para o Complexo de Pesquisa em Arklay, onde passam a atuar como pesquisadores chefes na pesquisa com o T-vírus, com o objetivo de criar uma arma biológica com base em seres humanos. Logo nos primeiros dias de trabalho em Arklay, Wesker conhece a jovem Lisa Trevor, que era usada como cobaia no complexo de pesquisa desde que havia sido capturada, há 11 anos.

Nos primeiros anos de pesquisa em Arklay, Wesker e Birkin sofreram o peso da competitividade com a jovem

Alexia Ashford, nomeada pesquisadora chefe com apenas 10 anos de idade. Birkin sentiu-se derrotado por não ser mais o jovem prodígio da empresa, mas Wesker não se abateu e manteve-se focado nos objetivos da pesquisa. Em 1983, os dois conseguiram levar a pesquisa com o T-vírus ao estágio 2, transformando seres humanos em zumbis. No final deste mesmo ano, a notícia da morte de Alexia chegou a Arklay e Wesker começava a se interessar pelo vírus T-Veronica, o suposto causador da morte da jovem. Albert tentou convencer William de investigar o vírus, mas Birkin discordou fortemente quando Wesker tentou obter uma amostra para análise.

Nesta época, Wesker passou a estudar a possibilidade de infecções secundárias pelo T-vírus e descobriu que era possível infectar muitas espécies. Com essa descoberta, ele passou a questionar as intenções de Spencer e o perigo iminente que era ter um complexo de pesquisa em um local cercado de vida selvagem, pronta para ser infectada por um vírus mortal. O interesse de Wesker em descobrir quais planos Spencer poderia estar escondendo aumentava cada vez mais e ele começou até mesmo a cogitar deixar seu cargo para obter mais informações.

Em 1988, Wesker e Birkin cumpriram as ordens de Spencer para matar James Marcus, que desde o fechamento do Centro de Treinamento, pesquisava suas sanguessugas, isolado no local. No mesmo ano, pesquisa com o T-vírus chegou ao estágio três com a produção do

Tyrant. Logo no início, a pesquisa já mostrava um grande obstáculo, com a dificuldade de obter cobaias compatíveis. Com isso, Wesker e Birkin começaram a buscar alternativas, como o parasita NE-alfa, que estava sendo produzido em um laboratório Europeu da Umbrella. Após os esforços de Wesker, uma amostra foi entregue no laboratório em Arklay, e ele e Birkin passaram a investigá-lo. Como o NE-alfa era muito agressivo e matava a maioria dos hospedeiros, Wesker e Birkin decidiram usar a cobaia que parecia resistir a tudo, Lisa Trevor. O experimento acabou tendo um desfecho totalmente inesperado, com a descoberta do G-vírus.