Em 2003, após incidentes semelhantes aos que ocorreram na Floresta de Raccoon surgirem em um vilarejo na região do Cáucaso, na Rússia, Wesker passou a desconfiar que poderia haver uma base da Umbrella no local. Nas proximidades do vilarejo havia uma antiga indústria química, remanescente da era soviética. De acordo com investigações feitas por Wesker, o proprietário era um aristocrata de uma família europeia nobre, o que remetia imediatamente à Ozwell E. Spencer. A Umbrella tentava sobreviver nesta base secreta, administrada por Sergei Vladmir.
Wesker no cáucaso, em busca de informações
Aproveitando a invasão da Unidade Anti-Bioterrorista de Chris Redfield e Jill Valentine à base para por um fim definitivo à Umbrella, Wesker infiltra-se no complexo para tentar coletar os dados da empresa sem ser notado por Sergei Vladmir. No entanto, a presença de Wesker é detectada por Sergei que o confronta com seus dois Ivans. Com seus poderes concedidos pelo vírus, Wesker consegue se livrar de ambos e avança nas instalações.
Enquanto Jill e Chris enfrentam o T-A.L.O.S., Wesker alcança a sala onde está o UMF-013. Sergei confronta Wesker e conta que foi ele quem programou Red Queen para restringir o acesso aos dados da Umbrella no dia do incidente da mansão. Sergei transforma-se em um monstro, mas é facilmente morto por Wesker.
Sem nada entre ele e os dados da Umbrella, Wesker acessa o terminal UMF-013 e armazena todos os dados da empresa em um disco, como pretendia ter feito no dia do incidente da mansão, em 1998. Após coletar todas as informações que precisava, ele apaga tudo do disco rígido do super computador e inativa Red Queen.
Enquanto a Umbrella dava seus últimos suspiros, Wesker dá o golpe final na empresa. O julgamento para descobrir os verdadeiros culpados pelo incidente de Raccoon City chegou ao fim após a divulgação das informações incriminatórias roubadas por Wesker da base no Cáucaso. Assim, a Umbrella foi considerada culpada por todas as acusações apontadas pela promotoria.
Em posse de todos os dados de pesquisas da Umbrella, Wesker pode crescer e dominar a Organização para a qual trabalhava e assim, pode avançar mais com seus planos. Wesker acreditava que a Umbrella tinha um grande poder em mãos, mas faltava uma visão adequada de como usar este poder. O objetivo de Wesker era reescrever um futuro para o mundo. Esse comportamento já mostra que os planos de seleção artificial da humanidade já passavam pela mente de Wesker antes do início do projeto Uroboros, nos anos seguintes.
Entre 2003 e 2004, Wesker aproximou-se de Excella Gionne, então funcionária da divisão farmacêutica da Tricell. Os interesses mútuos fizeram com que Wesker cedesse a ela informações de pesquisas com o T-vírus e armas biológicas. Desta forma, Excella ganha destaque na Tricell por iniciar projetos de produção de armas biológicas. A Organização fica sabendo dessa aproximação de Wesker com a Tricell e suas atividades passam a ser monitoradas.