Chegando à cidade, Wesker comanda a equipe Alfa dos S.T.A.R.S até a Floresta de Raccoon com o pretexto de resgatar os membros da equipe Bravo. Para evitar falhas, Wesker sequestra a família de

Barry Burton para chantageá-lo.

Logo após chegar a floresta, a equipe Alfa é atacada por cães e Wesker os guia até a Mansão Spencer. Dentro da propriedade, Wesker abandona os membros do S.T.A.R.S. para recolher dados de combate. Nos dormitórios, ele chantageia Barry e o convence a trabalhar do lado dele para que nada seja feito contra sua esposa e suas filhas.

Jill percebe o comportamento estranho do colega e passa a desconfiar dele. Nas cavernas, Wesker encontra Jill e Enrico Marini, mas não revela sua presença. Marini diz à Jill que há um traidor entre os S.T.A.R.S. e antes que Enrico possa revelar quem é, Wesker não hesita e o mata com um tiro no peito. Jill não consegue ver quem foi o atirador.

Nas áreas subterrâneas da mansão, Wesker encontra Lisa Trevor, que deveria ter sido eliminada anos atrás. Com o auxílio de

Chris, o capitão consegue fazer com que Lisa se jogue em um profundo abismo. Enquanto isso, Jill alcança um laboratório abaixo da mansão. Lá ela descobre provas dos projetos para produção de armas biológicas pela Umbrella, além de encontrar uma foto de Wesker com outros pesquisadores, confirmando o envolvimento do capitão dos S.T.A.R.S. com as atividades ilegais da empresa.

Conforme os S.T.A.R.S. se aproximam cada vez mais da verdade, Wesker começa a executar a parte final de seu plano. Ele aguarda a chegada dos membros do esquadrão na sala onde se encontra o Tyrant (T-002), onde ele irá testá-lo e usá-lo para forjar sua morte, contrariando as ordens da Umbrella de descartar a criatura. Minutos antes da chegada de Chris à sala, ele injeta em si mesmo o vírus experimental entregue a ele por Willian Birkin. Wesker pretendia que o Tyrant o atacasse e, desta forma, o vírus experimental o traria de volta à vida. Desta forma, ele poderia forjar sua morte e teria espaço livre para usar as informações coletadas da Umbrella para ingressar em uma empresa rival.

Com a chegada de Chris à sala do Tyrant, Wesker revela seus planos de coletar dados de combate das armas biológicas da Umbrella usando os S.T.A.R.S. Neste momento, ele liberta o Tyrant do tubo de cultura e é atacado pela criatura. Os S.T.A.R.S. enfrentam o monstro e o derrotam.

Wesker volta a vida

O vírus age perfeitamente em Wesker e ele acorda minutos após o ataque do Tyrant. O sistema de auto-destruição está ativado e ele precisa deixar o local o quanto antes. Antes de partir, ele tenta acessar o terminal para recolher os dados recolhidos durante a missão. No entanto, Sergei havia programado o sistema de inteligência artificial da Umbrella, batizado de Red Queen, para restringir o acesso de Wesker aos dados da empresa em um período de 24 horas, devido ao estado de emergência do complexo.

Wesker faz o caminho do laboratório em direção ao hall da mansão, antes que o local exploda. Durante a fuga, ele é surpreendido por Lisa Trevor, que ainda permanecia viva, mesmo após todas as tentativas de eliminá-la. Após uma batalha no hall, Wesker consegue escapar da mansão, deixando Lisa presa no momento da explosão do complexo em Arklay. Enquanto enfrenta as criaturas que ainda permaneciam na mansão e no laboratório, Wesker percebe as mudanças em seu corpo causadas pelo vírus: sua força estava aumentada, além de ter ganhado velocidade e agilidade totalmente acima das de qualquer ser humano. Maravilhado com seus poderes sobre-humanos, Wesker não imaginava que estava, o tempo todo, seguindo os planos de Spencer à risca.